花呗有额度但不能付款可能是商家未开通花呗服务或所购买的商品不支持花呗付款。若多件商品一起支付时，只要有一件商品不支持花呗付款，则该笔合并交易无法使用花呗支付，因此在使用花呗支付时要注意了解商家和商品详情，以免造成不便。

除此之外，如果用户花呗使用被限制也是不能支付的。支付宝账户如果使用花呗有过逾期，那么会被风控，限制交易。这时候只有等系统重新评估用户是否有花呗的使用资格，人工无法进行干预。