银行间债券和交易所债券的交易方式不同，银行间债券市场采用的是做市商制度，双边报价，实行一对一询价谈判方式进行交易；而交易所债券市场交易方式与股票市场相同，使用集合竞价撮合交易的方式，交易准则为价格优先，时间优先。

另外，银行间债券和交易所债券的托管结算方式也不同，银行间债券市场中的债券托管在中央结算公司开立的一级债券托管账户中，由全国同业拆借中心提供其前台的债券交易，后台的债券结算由中央结算公司提供，银行间市场釆用的是逐笔、全额和实时的交易结算制度；交易所债券市场中债券托管在中国证券登记结算有限公司，与交易所股票市场类似，投资者只需在证券商处开立账户即可在市场中进行交易，交易所债券采用的是净额结算制度。