市管公积金是有本市住房公积金管理中心进行管理；国管公积金是由中央国家机关住房资金管理中心负责管理。国管公积金指的就是中央国家机关在北京单位等国管单位的在职员工，为在职职工缴存长期的住房基金。

另外，市管公积金和国管公积金贷款年限也有较大差异，正常情况下贷款年限的计算公式是房龄加贷款年限小于等于的一个数值，这个数值国管公积金要比市管公积金要大一些。但国管公积金与市管公积金的区别还在于北京市国管公积金是由国家直接管理的，而市管公积金主要就是市属单位，私企，外企等单位为员工缴纳的公积金。