新三板分为三层，分别是精选层、创新层和基础层。在分层之后，不同层级所采用的进入门槛、交易规则、监督管理、交易门槛等都会有所不同。

新三板分层制度是指在新三板挂牌的数量众多的企业当中，按照一定的分层标准，将其划分为若干个层次，可降低信息搜集成本，提高投资分析效率，增强风险控制能力，引导投融资精准对接。