新三板在进行改革后基础层、创新层主要区别如下：

1、企业门槛不同

基础层、创新层对挂牌企业的要求不同。

2、交易机制不同

基础层、创新层采用的是集合竞价交易方式，基础层每一个小时撮合一次，创新层每10分钟撮合一次。

3、投资者门槛不同

基础层、创新层对投资者的资金要求不同，基础层要求投资人前10个交易日账户资产日均不低于200万元，创新层是100万元。