有区别，但是电子发票和普通纸质发票的效力是一样的。区别是：1、介质不一样：普通纸质发票是以纸张的形式呈现的，而电子发票多以数字化方式呈现；2、保存方式不一样：普通纸质发票需要保存好纸质发票，电子发票只需保存电子档，必要的时候再打印，可以避免因丢失纸质发票带来的诸多不便；3、与传统纸质发票相比，电子发票管理系统可以在线开票，节省发票工本费、税控机成本以及相关人力成本。