一是对象不同，城镇职工医疗保险，也就是狭义的医疗保险，主要是针对城镇职工的，而合作医疗，基本上是针对农村用户的；

二是收费不同，农村合作医疗，收费比较低，而且是农户自己缴费；而医疗保险，则收费比较高，而且很多时候，是个人与所在单位共同缴纳；

三是保障不同，农村合作医疗，主要是广覆盖，但很多保障相对来说并不高；而医疗保险相对来说，保障性会更高一些。