微店APP主要用到支付宝、信用卡以及财付通3种方式。在微店的“确认订单”界面，选中“支付宝支付”单选按钮，点击“确认购买”按钮。执行操作后，进入“收银台-高端版-支付宝”界面。
如果买家没有支付宝账户，也可以使用“信用卡快捷支付”和“储蓄卡快捷支付”直接完成付款。例如，选择“储蓄卡快捷支付”选项后进入“储蓄卡快捷”界面，买家可以选择自己储蓄卡的银行。选择相应银行后，输入银行卡号、开户姓名、身份证号码等信息，点击“确定”按钮，即可完成快捷支付操作。
如果买家有支付宝账户，可以输入支付宝账号和密码登录，可以直接使用支付宝余额支付或使用银行卡付款。
